研究センター内には、（1）応用酵素・疾患代謝プロジェクト、（2）疾患プロテオミクスプロジェクト、（3）シグナル伝達と糖尿病プロジェクト、（4）病態システム酵素学プロジェクト、（5）免疫病態研究プロジェクト、（6）神経変性疾患プロジェクト、（7）感染症・粘膜アジュバント研究プロジェクト、（8）結晶構造解析室の8プロジェクトが動いている。研究センターが参画する主な国の大型プロジェクトには、文部科学省21世紀COEプログラム「多因子疾患克服に向けたプロテオミクス研究」：全部門が参画する疾患プロテオミクス研究、重要課題解決型研究（科学技術振興機構）「生体成分粘膜アジュバントによる戦略的予防」：粘膜ワクチン開発による感染症の予防、知的クラスター創成事業「ヘルステクノロジーを核とした健康・医療クラスターの創成」が実施されてきた。特色ある研究プロジェクトには、自己免疫疾患の病態解明プロジェクト、プリオン病の治療プロジェクト、インスリン作用の分子メカニズムプロジェクト、D-アミノ酸代謝と細胞死制御プロジェクトがあり、活発な研究が進められている。