我が国の獣医・畜産系大学で唯一の家畜原虫病に関する研究拠点として、大学ならびに他省庁との研究連携により、人獣共通感染症としての原虫病の制圧と、動物生産性向上によるタンパク質資源の確保に努め、我が国は勿論、世界人類の健康福祉に学術的貢献をなしうる原虫病に関する総合的研究を推進する事を目的としています。基礎部門、応用部門、大動物特殊疾病部門、国際監視部門からなり、大学院の教育研究指導や国際協力事業団の委託による研究コースも実施しています。