2003年度から5年間、2つの21世紀COEプログラム「社会科学の統計分析拠点構築」及び「現代経済システムの規範的評価と社会的選択」に取り組みました。前者は、データ・アーカイブ、統計理論、高度実証分析という3つの結合を目指した拠点形成プロジェクトであり、アジア長期経済統計、各種データベースの作成・公開等が精力的に進められました。後者では、国際経済、企業経済、公共経済というサブ・システムの設計と評価、理論的な基礎を確保するための社会的選択の理論と厚生経済学の体系的研究が進められました。また、2006 年度から2つの大規模プロジェクト、学術創成研究「日本経済の物価変動ダイナミックスの解明」（これは物価研究センターを組織しています）、及び特別推進研究「世代間問題の経済分析」に取り組んでいます。2007年4月に設置されました世代間問題研究機構は、4つの中央省庁等と連携して、国際的な共同研究のハブの形成を目指し、11月にはロシア研究センターが発足しました。附属社会科学統計情報研究センターでは、学術研究のための政府統計ミクロデータの試行的提供を拡充しています。