空間情報科学研究センター（以下、センター）は、東京大学の学内共同利用施設として設立されました。学内共同利用施設とは、東京大学内のさまざまな学部や研究機関に所属する研究者が、それぞれの研究のために利用できる施設です。つまり、センターは特定の専門領域にとどまらず、横断的な研究を行うことが求められています。
これまでにセンターでは、実際に東京大学内のさまざまな研究者とも研究を行って参りましたが、より広く他大学や民間企業の研究者、国の機関とも積極的に共同研究を進めてきました。そのため、2006年4月からは全国共同利用施設として、空間情報科学の創成・深化・普及とあわせて、全国の研究者の支援も一層進めることとなりました。