1.史料研究
歴史研究の基礎は歴史資料の収集・調査・保存と精密な分析・解読にあります。文書・典籍、絵画・画像史料などの、様式・機能、形態・素材、伝来や史料群形成、調査方法、管理法や情報化などに関する研究を、歴史学の新しい分野として史料学と呼んでいます。史料学研究の成果をもって大学院人文社会系研究科及び情報学環において教育にあたっています。

2.史料編纂
事件が起きた時間の流れに沿って関連史料を集める編年史料と、史料群を元の状態に近い形でまとめる類纂史料とに分けて編纂を行い、毎年10余冊の史料集を刊行しています。

・編年　『大日本史料』『幕末外国関係文書』
・類纂　『大日本古文書』『大日本古記録』『大日本近世史料』『大日本維新史料』『日本関係海外史料』
・その他　『正倉院文書目録』『日本荘園絵図聚影』『花押かがみ』

3.歴史情報研究拠点形成と画像史料研究
膨大な史料と史料集の歴史情報データベースをナレッジベース化する前近代日本史情報国際センターの事業、新しい研究分野である絵画・画像史料を収集・分析する画像史料解析センターの事業などにも取組んでいます。歴史情報データベースでは、文字、画像あわせて1千万件のデータを蓄積し公開しています。