真菌医学研究センターは、昭和21年に設立された腐敗研究所に起源を持ち、その後生物活性研究所を経て、平成9年に前身の真核微生物研究センターを発展的に改組して発足した全国共同利用研究施設で、病原真菌の研究と、それらによる疾患の成因と征圧に関する研究を行っています。真菌（カビ、酵母、キノコ）は自然界の物質環境やバイオテクノロジーの重要な担い手ですが、感染症の原因菌としても重要です。一般に皮膚真菌症（水虫、タムシなど）が知られていますが、医学界では白血病、免疫不全疾患などの抵抗の弱い患者に起こる日和見真菌感染、外来性の高度病原性真菌による輸入感染症など、重要疾患が大きな問題になっています。